Заведующий кафедрой отечественной средневековой и новой истории исторического факультета ЯрГУ им. П.Г. Демидова со времени ее организации в 1997 г. Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации. Является инициатором создания лаборатории военной истории исторического факультета и более 25 лет состоит ее бессменным научным руководителем. Председатель со дня основания Ярославского регионального отделения Российского общества историков-архивистов, руководит им более четверти века. Член ассоциации «История и компьютер» (Москва), одной из старейших профессиональных ассоциаций в области гуманитарных наук на постсоветском пространстве, объединяющей специалистов из стран СНГ, со времени ее основания в 1992 г. Ю.Ю. Иерусалимский возглавляет со дня основания в 2018 г. Межведомственную рабочую группу по сохранению российского историко-культурного наследия в США при ЯрГУ им. П.Г. Демидова.
С 2021 г. является научным консультантом лаборатории ЯрГУ "Россия и Европа: сравнительный анализ доиндустриальных обществ".
Руководитель Центра по сохранению и укреплению традиционных российских духовно-нравственного ценностей ЯрГУ. С 2021 г. член Общественной палаты Ярославской области.
Область научных интересов Ю.Ю. Иерусалимского – история России, источниковедение, политическая история, историческое краеведение, история отечественной культуры. Автор более 400 научных трудов, включая 12 монографий, учебник для ВУЗов Российской Федерации, 8 учебных пособий и текстов лекций; главный редактор 11 альманахов, 13 сборников научных работ и материалов конференций, главный редактор «Энциклопедии Ярославского края с древнейших времен до 1917 г.» (Ярославль, 2009), «Энциклопедии Угличского края» (Шуя, 2013) и «Электронной энциклопедии по истории и культуре Угличского края для школьников» (Углич, 2009); научный редактор книги «Летопись Ярославля» (СПб.: Издательский дом «Морской Петербург», 2007. 360 с.). Титульный рецензент учебника для студентов вузов, обучающихся по исторической специальности и историческому направлению: Федоров В.А. История России. 1861 - 1917. Учебник выдержал пять публикаций в ведущих московских издательствах с 1998 по 2016 гг.
В 1991 – 1993 гг. находился в докторантуре МГУ им. М.В. Ломоносова, где в 1995 г. защитил докторскую диссертацию.
Под руководством профессора Ю.Ю. Иерусалимского сложилась научная школа, изучающая историю России XIX – XX вв.: 15 человек защитили кандидатские диссертации и трое –докторские. Продолжает осуществлять научное руководство аспирантами и консультации докторантов. С 2021 г. является экспертом Центра экспертизы учебно-методических и цифровых образовательных ресурсов Института стратегии развития образования Российской академии образования и осуществляет экспертизу учебников по истории для школьников и материалов Всероссийских и региональных исторических олимпиад.С 2018 г. работает по совместительству профессором кафедры истории, культуры и социального развития Московской области Московского государственного областного университета.
Многолетний организатор, председатель и сопредседатель оргкомитетов ежегодных Международных научных конференций, в работе которых принимают участие послы Сербии, Монголии и Афганистана в РФ, исследователи из США, Франции, Великобритании, Дании, Черногории, Сирии, Белорусии, Молдовы, Конго и др. стран, а также из МГУ им. М.В. Ломоносова, Института российской истории и Института всеобщей истории Российской академии наук, МГИМО, РУДН, РГГУ, ВШЭ и др.
Победитель всероссийского конкурса на лучшую научную книгу 2006 и 2012 гг.
Неоднократный лауреат конкурса «Лучший ученый ЯрГУ» в области гуманитарных наук (1996 г. – 1 место; 1999 г. – 3 место и др.).
Победитель грантовых конкурсов РФФИ в 2019 и 2020 гг. на издание научного труда и на публикацию научной обзорной статьи в ведущих научных журналах России. Ю.Ю. Иерусалимский в качестве руководителя научного коллектива выиграл в 2021 г. грант РНФ в конкурсе "Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами".
Ю.Ю. Иерусалимский получил свидетельство эксперта и в 2017 г. вошел в региональный реестр Ярославской области. В качестве представителя ЯрГУ им. П.Г. Демидова регулярно занимается оказанием научно-методической помощи органам государственной власти и местного самоуправления: с 2017 г. входит в совет по вопросам религиозных объединений и в координационный совет по вопросам межнациональных отношений при мэрии г. Ярославля, с 2018 г. входит в состав Ученого совета муниципального Музея истории горда Ярославля. В 2010 – 2019 гг. оказывал научно-методическую помощь Угличскому государственному историко-архитектурному и художественному музею, а также муниципальному учреждению культуры «Шуйский историко-художественный и мемориальный музей им. М.В. Фрунзе». На постоянной основе занимается научно просветительской деятельностью по линии общества «Знание».
Награжден высшей ведомственной наградой – знаком отличия «Ветеран» Министерства науки и высшего образования Российской Федерации, почетными грамотами министерства, губернатора, Правительства Ярославской области и мэрии г. Ярославля. В 2009 г. награжден общественной наградой: почетным историческим знаком «Потомственный орден «Честь. Благие дела. Слава.» имени Дмитрия Донского и Владимира Храброго» за плодотворную профессиональную и общественную деятельность и активное участие в подготовке мероприятий к празднованию 1000-летия г. Ярославля. Награжден общественными наградами: медалью «За заслуги перед музеем» Шуйского историко-художественного и мемориального музея им. М.В. Фрунзе и медалью «150 лет российскому нотариату» Ярославской областной нотариальной палаты.